Im Jahre 2029 besitzen einige Menschen nur noch eine Biokapsel als Körper, genannt „Shell“, während ein Rest an Gehirnzellen definieren den „Ghost“, der Identität und Persönlichkeit eines Individuums definieren. Als ein Hacker namens „Puppenspieler“ die Firewalls der „Ghosts“ zu überwindet und sie manipuliert, muss Majorin Motoko Kusanagi vom japanischen Geheimdienst Sektion 9 sich auf die Jagd nach dem Cyber-Verbrecher begeben.