Der erfolglose Puppenspieler Craig entdeckt auf der Arbeit in einer skurrilen Firma ein Portal, das in den Kopf des Schauspielers John Malkovich führt. Schnell wird das Portal zu einer merkwürdigen Obsession für jeden, der in diese verrückte Welt eintaucht. Craig und seine Frau Lotte wittern eine Geschäftsidee. Doch dann kommt ihnen John Malkovich höchstpersönlich auf die Schliche.